Certamente quem pregou o evangelho em Aracaju pela primeira vez foi o Rev. Alexandre Latimer Blackford que visitou Sergipe pela primeira vez em 1878. Não é provável que os colportores que visitavam Sergipe, dos anos de 1863 até aquela época, tivessem estado em Aracaju, visto ser uma cidade em começo, contando poucos habitantes, não atraindo assim os primeiros evangélicos. Mas em 1878 já Aracaju tinha 23 anos e poderia ter recebido a visita do valoroso missionário presbiteriano, o primeiro ministro ordenado que apontou plagas de Sergipe. Se Blackford não esteve em Aracaju em 1878, esteve em 1881. Antes de vir a Sergipe, Blackford conseguiu realizar um empreendimento que muito o preocupava, uma versão brasileira do Novo Testamento, apoiada no original Grego.
Por volta do ano de 1893, um dos missionários que visitava Aracaju, talvez o Rev. John Benjamin Kolb, que durante seis anos residiu em Laranjeiras, deu-se um fato interessante que convém que seja relatado neste resumo histórico.
Era presidente da Província de Sergipe, o Capitão José Calazans, ilustre sergipano que subirá ao poder pela sua integridade de caráter. Certo dia, o Rev. Kolb foi recebido em palácio pelo presidente da Província ia solicitar um salão público onde pudesse expor a doutrina do evangelho. Pois não foi possível encontrar um, ao menos em residência particular. Apelou para o espírito liberal do presidente e saiu do salão de audiências com a promessa da satisfação do seu pedido.
O Presidente mandou vir à sua presença o Diretor da Instituição Pública, ilustre sacerdote do clero sergipano e mostrou desejo de atender a solicitação do pastor protestante, adiantando que o seu gesto atendendo aquele ministro, além de ser nobre, pois se tratava de um ilustre representante da grande nação Americana, também não feria o texto da constituição. Chegou até ler o preceito Constitucional quanto a liberdade de culto e disse que procederia de idêntico modo com qualquer outro cidadão, pouco importando a sua religião. O padre concordou, o local escolhido foi um dos salões do antigo prédio do Atheneu Sergipense, hoje Tesouro do Estado. Tudo acertado até a hora da abertura do salão. Deu-se conhecimento da resolução ao missionário presbiteriano.
Antes de anoitecer o padre apareceu no palácio para dizer ao Presidente que se arrependera, pois não lhe ficava bem na qualidade de sacerdote romano, entregar a dependência de um estabelecimento que administrava para a realização de um ato dirigido por um inimigo de sua igreja. Foi um desapontamento para o Presidente. A sua palavra já fora empenhada e não era possível retroceder. Em vão procurou convencer ao padre. Em vista da irredutibilidade do ilustre sacerdote, que fez o Presidente da Província ? Demitiu o padre e mandou abrir o salão para a pregação do Evangelho. Grande homem, grande Zozino Lima, que ouviu do próprio General Calazans. Pouco antes de sua morte, certa ocasião, quando falavam sobre intolerância religiosa.
O Rev. Blackford abriu caminho, outros palmilhavam-no, até que no dia 13 de Dezembro de 1901, na aurora deste século, às três e meia horas da tarde, uma comissão nomeada pelo Presbitério de Pernambuco, composta dos Reverendos G. W. Chamberlain e W. E. Finley organizou a rol da Igreja Presbiteriana de Aracaju, sendo arrolados 33 membros maiores e 12 menores que faziam parte da Igreja Presbiteriana de Laranjeiras. À noite houve culto público, sendo declarada organizada a Igreja. O Rev. Chamberlain leu a Escritura; o Rev. Bixiler fez oração ; o Rev. Finley narrou o histórico da Igreja e os esforços feitos para conseguir a sua organização, salientando a ação do Presbitério de Pernambuco e da comissão nomeada; o Rev. Wadell instituiu nos deveres os membros da nova igreja.
No dia 5 de Janeiro de 1902 foi celebrada a Santa Ceia, fazendo profissão de fé os senhores Manoel José Moreira, José Peixoto de Carvalho, e Dona Bertolina Oliveira de Carvalho, os primeiros a professarem a fé depois de organizada a Igreja.
Desde sua organização até fins de 1903 a Igreja esteve dirigida pelo Rev. Finley, Em 1904 e começo de 1905, pelos Reverendos Laudelino de Oliveira Lima e C. E. Bixier. Daí até parte de 1906 pelo Rev. Manoel Machado que aderindo ao movimento da Igreja Presbiteriana Independente, teria ocasionado graves dificuldades à Igreja nascente, não fora a vigilância dos que ficaram fiéis ao Sínodo, tendo a frente a heróica figura de D. Jovina Moreira, que é, inegavelmente, em terras de Sergipe, a a maior expressão feminina de fidelidade à causa do Evangelho.
De 1906 a 1910, sem pastor residente, visitada esporadicamente por pastores e evangelistas, notadamente pelo reverendo Cassius E. Bixiler que residia em Estância.
De Janeiro de 1911 até Dezembro de 1924 pastoreada pelo reverendo Rodolfo Fernandes, que foi o fundador de “O CRISTÃO”, órgão da Igreja e depois do Presbitério Bahia-Sergipe. O ministério do reverendo Rodolfo Fernandes foi fecundo e os crentes viveram dias gloriosos. As profissões de fé se multiplicavam. As festas eram concorridíssimas, notando-se a presença dos elementos de Escol da encantadora capital sergipana. As discussões religiosas que se tratavam pela imprensa entre os polemistas do “O CRISTÃO” e os da “CRUZADA” órgão romancista da cidade, despertavam o profundo interesse na massa. Tomaram parte nestes gloriosos prélios de fé, os Reverendos Galdino Moreira e Juventino Marinho, adestrados espadachim nas lutas da Evangelização pátria.
Em 1924, a Diocese de Aracaju, alarmada com o processo evangelístico em nossa capital, convidou o Padre Dubois, barnabita francês e ferrenho inimigo do protestantismo para fazer uma série de conferências com a finalidade de desarticular aqueles que pregavam a doutrina pura do Evangelho. Enganou-se a igreja romana e o Padre Dubois. Ao invés de encontrarem um Cristianismo fraco, incipiente, tiveram de enfrentar aquele Cristianismo da Igreja primitiva. Simples e vigoroso, sem a mistura dos dogmas e das fábulas senis. Os jornalistas cristãos, notadamente Rodolfo Fernandes e Pedro Machado pulverizaram, ante a população faminta da verdade, o Golias Romanista. Subiu ainda mais o conceito dos evangélicos.
Em fins de 1924, o Reverendo Rodolfo Fernandes renunciou o pastorado da Igreja Presbiteriana e a 4 de Abril de 1926, organizou a Igreja Cristã, com 34 pessoas, todas da Igreja que renunciara. Hoje esta Igreja é a Cristã Congregacional, que funciona no Bairro Industrial, tendo ainda à sua frente o Reverendo Rodolfo.
Em 1925 foi dirigida pela reverendo Sérgio Maranhão.
De 1926 até parte de 1937, pastoreada pelo Reverendo Celso Lopes Pereira, ordenado aqui pelo Presbitério Bahia-Sergipe. O ministério do reverendo Celso Lopes se caracterizou pela intensidade da obra missionária, não só na capital como o interior e até fora do estado. A Igreja Presbiteriana era uma espécie de no Antioquia. Uma verdadeira primavera apostólica. Grupos de evangelização, caravanas, em caminhões, ônibus, canoas, trens e mesmo a pé, varavam o estado, indo além fronteiras. Manteve-se um trabalho na Barra dos Coqueiros, com cultos regulares e até festas de natal com distribuição de presentes aos pobres. Indo de trem evangelizou-se Tebaida E Tebaidinha, no sul, e subindo a linda norte e atravessando o Rio São Francisco sustentou-se, por longo tempo, duas Congregações em São Braz e Penedo. Aquela, orientada pelo neo-convertido Júlio Cirino e esta pela consagrada senhora já chamada aos Tabernáculos Eternos D. Clotilde Mendonça. Em São Braz, certa ocasião, a multidão fanatizada por uma grave atentado contra uma das caravanas que evangelizava aquele povoado, só não havendo nada pela graça de Deus e as providências que o reverendo Celso Lopes solicitara ao então Interventor Federal Tasso Tinoco.
Em alegres caravanas subindo o curso do Rio Sergipe, evangelisou-se Atalaia Velha e Atalaia Nova; descendo. muitas vezes contra a maré, ou de outras, ao sabor das correntezas, entregou-se a mensagem de Deus aos habitantes do Cajueiro, entretanto pelo braço do Rio Pomonga, ou então, pelo Rio do Sal, revolucionava-se espiritualmente Taiçoca de Dentro e Taiçoca de Fora. Um caminhão contratado para transportar a Igreja ambulante viajava em tardes de domingo ou dias feriados e evangelizava os agrupamentos humanos que ficavam no leito da estrada rodoviária Sobrado, Bairro Vermelho, Socorro e povoados insignificantes, que recebiam com certa regularidade a Água da Vida que a Igreja lhes levava. Oiteiro povoado além de Socorro, hoje Cotinguiba, ouvia também os arautos do evangelho . Eram inúmeros os pontos de pregação na capital. O presbítero José Atanázio de Santana, nesta época, homem simples porém, profundamente espiritual, era o doutrinador dos neo-convertidos animando-os e dirigindo-os nos seus impulsos missionários.
Foi no pastorado do reverendo Celso Lopes, que se manteve por alguns anos o jornal “SERGIPE EVANGÉLICO” órgão de todas as denominações evangélicas da capital, que foi um elo de ligação de um braseiro de fraternidade cristã entre os grupos evangélicos que operavam naquela época em Aracaju. As festas campais levadas a efeito pela Igreja no Sitio Capucho tiveram fama e atraíram multidões neste áureo de 1926 e começo de 1927.
Em fins de 1937, assumiu interinamente as rédeas do trabalho o reverendo Alfeu Barra de Oliveira, então pastor do campo sul de Sergipe. Neste período, construiu-se a casa pastoral, à rua de capela, contígua ao templo, no local da antiga tipografia do “O CRISTÃO”. Quem primeiro residiu nesta casa pastoral foi o reverendo Jorge Cesar Mota, de nacionalidade portuguesa, que pastoreou a Igreja no ano de 1938.
De 1939 até Março de 1941 esteve aos cuidados do Reverendo Joel Rocha. De 1942 a 1946, foi pastoreada, interinamente, e agora pela segunda vez pelo Reverendo Alfeu Oliveira.
No dia 23 de Janeiro de 1942 foi consagrado o segundo templo da rua de Estância, inegavelmente, um reflexo da grande campanha de Reviramento Cristão, levada a efeito no pastorado do Reverendo Celso Lopes e liderada pelo Dr. Bolivar Bandeira. O terreno para a construção foi uma valiosa oferta feita pelo então diácono Francisco Silva.
Em 1947 dirigiu o rebanho o reverendo Aristeu de Oliveira Pires. Neste período construiu-se parte do edifício do auditório no local da antiga casa pastoral à rua Laranjeiras, casa que foi adquirida por compra, com sacrifícios inauditos, no pastorado do Reverendo Rodolfo Fernandes.
De 14 de Julho de 1948, até Dezembro deste ano foi pastoreada pelo Reverendo Heinz Neuamnn, de nacionalidade alemã.
No dia 23 de janeiro de 1949, deu-se carta de transferência à quatorze pessoas para formarem uma Congregação Presbiterial que deveria funcionar no templo da rua Estância, isto por determinação do presbitério o com o apoio da Igreja. Os motivos que determinaram esta separação, foram de ordem interna. Aquela congregação é hoje a Igreja Presbiteriana 12 de Agosto que continua funcionando naquele templo.
Em 1949 foi novamente dirigida pelo reverendo Aristeu de Oliveira Pires, agora como ministro itinerante de todo o campo sergipano.
A 18 de janeiro de 1949, por determinação do presbitério Bahia-Sergipe, foi solenemente provisionado o presbítero João Teles de Souza, candidato ao ministério evangélico, que dirige a Igreja desde a ausência do Reverendo Aristeu Pires até a presente data, data do Jubileu do trabalho presbiteriano em Aracaju. No ano de 1950 construiu-se a frente do auditório, com a complementação do piso, telhado e galeria, obra do Reverendo Aristeu Pires e ainda, remodelou-se completamente a frente do templo como pintura geral interna e externa. Convém ressaltar que o presbítero Antônio Rodrigues foi a alma deste trabalho.
O Presbitério de Salvador teve a sua reunião inicial na Igreja de Aracaju, em janeiro de 1951.
A Igreja quando organizada em 1903 funcionou em casa alugada na antiga rua da aurora, hoje Avenida Rio Branco, junto ao velho Trapicha Aurora, depois, na mesma rua, esquina com a de Estância, lado do norte. Mais tarde em 1904, na rua de São Cristóvão esquina do Beco do Açúcar. Em 25 de Janeiro de 1915, foi lançada pedra fundamental do templo, à rua Laranjeiras, esquina com Capela, onde permanece até hoje construindo uma história segundo a Palavra de Deus.